JASMIN Installation

# 所用平台

系统：Fedora 33 Workstation Edition 64 位
GCC 10.3.1 （Red Hat）

此系统自带 GCC 版本过高，需安装低版本 GCC 4.8.5。

# GCC 4.8.5

下载地址

# 依赖安装

在源码文件夹中 ./contrib/download_prerequisites 可下载好 mpfr-2.4.2，mpc-0.8.1，gmp-4.3.2，此外还需下载 isl-0.11.1，cloog-0.18.0 并解压到源码文件夹。

	cd gcc-4.8.5
	wget https://gcc.gnu.org/pub/gcc/infrastructure/isl-0.11.1.tar.bz2
	wget https://gcc.gnu.org/pub/gcc/infrastructure/cloog-0.18.1.tar.gz
	tar -jxvf isl-0.11.1.tar.bz2
	tar -zxvf cloog-0.18.1.tar.gz
	mv isl-0.11.1 isl
	mv cloog-0.18.1 cloog

# 正常安装

为了防止出错在源码文件夹外编译安装。

	cd ..
	mkdir gccbuild
	cd gccbuild
	../gcc-4.8.5/configure --prefix=/usr/local/gcc-4.8.5
	make
	make check
	sudo make install

参考

# 错误处理

用高版本 GCC 编译会出现很多不兼容问题。

# stubs-32.h

报错： Error "gnu/stubs-32.h: No such file or directory" while compiling Nachos source code
处理： sudo yum install glibc-devel.i686 libstdc++-devel.i686
不要加 --disable-multilib 编译选项绕过，会导致后面的软件编译失败。

参考

# Cannot find -lstdc++

处理： yum install libstdc++-static glibc-static
参考

# struct ucontext

报错： dereferencing pointer to incomplete type 'struct ucontext'
处理：找到错误源码文件，将 struct ucontext * uc_ = context->cfa 修改为 struct ucontext_t * uc_ = context->cfa 。

参考

# asan_linux.cc

处理：在 asan_linux.cc 中添加头文件 #include <signal.h>

参考

# libc_name_p

报错： cfns.gperf:101:1: error: ‘gnu_inline’ attribute present on ‘libc_name_p’
处理：修改 cfns.h 中的声明和定义

	#ifdef __GNUC__
	__inline
	#endif
	const char * libc_name_p (const char *, unsigned int);

为

	#ifdef __GNUC__
	#ifdef __GNUC_STDC_INLINE__
	__attribute__ ((__gnu_inline__))
	#else
	__inline
	#endif
	#endif
	const char * libc_name_p (const char *, unsigned int);

参考

# GDB 9.2

由于使用旧版 gcc 时系统 gdb 不可用，需重新编译安装旧版 gdb。

下载地址

	sudo install texinfo !编译gdb手册用
	tar zxvf gdb-9.2.tar.gz
	cd gdb-9.2
	mkdir build
	cd build
	../configure --disable-host-shared --prefix=/usr/local/gdb-9.2
	make
	sudo make install

# Netcdf 4.4

下载地址
root 登录，启用 GCC 4.8.5 后 →参考本页环境变量配置

# zlib 1.2.8

	tar -zxvf zlib-1.2.8.tar.gz
	cd zlib-1.2.8
	./configure --prefix=/usr/local/netcdf
	make && make check
	make install

# hdf5 1.8.13

	tar -zxvf hdf5-1.8.13.tar.gz
	cd hdf5-1.8.13
	./configure --prefix=/usr/local/netcdf --with-zlib=/usr/local/netcdf/
	make && make check
	make install

# netcdf 4.3.2

	tar -zxvf netcdf-4.3.2.tar.gz
	cd netcdf-4.3.2
	CPPFLAGS=-I/usr/local/netcdf/include LDFLAGS=-L/usr/local/netcdf/lib ./configure --prefix=/usr/local/netcdf --disable-dap
	make && make check
	make install

# netcdf-fortran 4.4.0

	export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/netcdf/lib:$LD_LIBRARY_PATH
	tar -zxvf netcdf-fortran-4.4.0.tar.gz
	cd netcdf-fortran-4.4.0
	CPPFLAGS=-I/usr/local/netcdf/include LDFLAGS=-L/usr/local/netcdf/lib ./configure --prefix=/usr/local/netcdf
	make && make check
	make install
	make check

第一次 check 可能因找不到库报错，install 后 check 通过。

参考

# JASMIN 4.5.2

官网：中物院高性能数值模拟软件中心 JASMIN，可申请安装包。
获得安装包后，执行 sh jasmin4-4.5.2-Linux-x86_64.sh ，按提示操作。
建议以版本名作为安装文件夹，如 /home/ning/jasmin4-4.5.2 ，不选择自动更新环境变量，在下文中统一设置。
在使用 JASMIN 时需更新项目 CMakeLists.txt 的路径，可参考 OMARE 学习使用（一）。

# 环境变量配置

.workenv

	export PATH="/usr/local/gcc-4.8.5/bin:$PATH"
	export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gcc-4.8.5/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
	export PATH="/usr/local/gdb-9.2/bin:$PATH"
	export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gdb-9.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH


	export NETCDF=/usr/local/netcdf
	export PATH=$NETCDF/bin:$PATH
	export LD_LIBRARY_PATH=$NETCDF/lib:$LD_LIBRARY_PATH
	CPPFLAGS='-I/usr/local/netcdf/include'
	export LDFLAGS='-L/usr/local/netcdf/lib'

	export PATH="/home/ning/jasmin4-4.5.2/bin:$PATH"


	echo 'Env var loaded.'

使用 Jasmin 前执行 source .workenv 。

若在 .bashrc 中设置 gcc 变量会导致系统启动失败无法进入登录界面（ F2 可看到系统加载失败信息），此时需要用 Linux 系统安装 U 盘启动新系统（不安装！可在 Fedora 官网下载 U 盘写入工具）后挂载本机磁盘文件系统，修改 GCC-4.8.5 文件夹路径，删除 .bashrc 中新增的路径及 /etc/ld.so.conf 新增的路径，这时可以进入登录界面。移走 /etc/ld.so.cache 重置 ldconfig 。

若反复卡死在登录界面可按 ctrl+alt+F2 命令行登入，删除追加的环境变量。在 .bashrc 中设置 Netcdf 的 LD_LIBRARY_PATH 会导致这种情况。

# 其他

# 修改选择系统界面时间（root）

	vim /etc/default/grub
	grub2-mkconfig -o "$(readlink -e /etc/grub2.conf)"

参考

# samba 文件共享服务 (root)

官方手册: How to create a Samba share

ifconfig 查看 samba 服务 ip
比如 180.170.100.21
在 mac 访达中访问服务器 smb://180.170.100.21
在 Windows 运行中访问服务器 \\180.170.100.21

其他参考: Samba 服务器超详细安装、配置

服务管理 service smb stop/start/restart
状态查看 sudo smbstatus

Memo